O colégio funciona desde 1984 e oferecia apenas o curso Técnico em Agropecuária. Atualmente no lugar estudam noventa alunos do Tocantins e de outros Estados como a Bahia, por exemplo.
O governador Carlos Henrique Gaguim anunciou a abertura do curso Técnico de Zootecnia no Colégio Agropecuário de Natividade, na região Sudeste do Estado, gerido pela Secretaria Estadual de Ciência e Tecnologia.
